种子的发展是贯穿游戏剧情的重要线索，涉及时间旅行与物品转化的核心机制。玩家首先需要在工厂操作台将化石蛋压碎获得原始种子，这一过程需用胶布修复线路并启动设备。随后通过时间机器回到将种子交给神庙中的少年种植，种子呈现为未激活的原始状态。返回现代时间线后，种子已成长为参天大树，成为进入飞船的关键路径。种子从化石到成熟植物的演变，直接关联飞船区域的解锁与后续剧情推进。
种子的时空双重性体现在其生长周期跨越古今。玩家在现代灯塔附近获取的化石蛋本质上是远古时期的种子化石，通过时间悖论形成闭环：过去种植的行为直接影响现代地图的构造。神庙少年种植时，种子需要特定环境条件才能存活，这解释了为何现代岛屿上只有特定位置存在巨型植物。种子发育为大树后，其枝干形成的天然阶梯是通往飞船的唯一通道，这种设计将物品转化与环境交互紧密结合。
飞船区域的密码与种子发展存在隐藏关联。工厂左侧屋子的外星人墙上的绿色光点图案是飞船门的解锁密码，该图案实际记录了种子基因序列的拓扑结构。当玩家进入飞船后，能在内部发现符石和异形块等物品，这些都与种子携带的远古外星基因有关。符石放入特定装置后会发生颜色变化，暗示种子本身是外星文明遗留的生物科技产物，其快速生长特性远超地球植物规律。
种子的终极发展体现在二周目新增内容中。完成一周目后重新开始游戏，玩家能在金字塔门口发现新增的坑洞，多次点击会触发隐藏剧情。此处需要将四个蓝色能量块与种子基因序列重组，最终生成的蓝色能量晶体是启动火箭的核心道具。该设定揭示种子本质是外星文明设计的生物能源载体，其发展过程实质是能量形态的转换：从固态化石到植物形态，最终提炼为纯净能源。
游戏通过种子机制深化了时间悖论主题。现代获得的化石蛋必须在过去种植才能维持时间线稳定，否则会导致飞船区域消失。开发团队在此处埋设了物理学熵增定律的隐喻：种子从有序化石变为茂盛植物的过程，实则是将封闭系统的熵值转移至时间机器消耗的能量中。这种设计使物品发展兼具游戏性和科学性，玩家需理解种子不仅是通关道具，更是维持游戏世界时间平衡的关键要素。
