选择最佳的船只配置需要综合考虑舰船类型、功能定位、资源消耗以及战术需求。游戏中的舰船分为护卫艇、驱逐舰、巡洋舰、战巡、航母等多个类型，每种类型又细分出不同功能的子型号，如装甲型、多功能型、侦察型等。合理的配置需要根据当前战斗环境调整前后排比例，确保舰队具备均衡的防御和输出能力。前排通常选择护甲更高的装甲型战舰承担伤害，中后排则配置火力更强的多功能型舰船。大型舰如战巡和航母虽然威力强大，但需要搭配护卫舰保护以避免被针对性攻击。
资源消耗是配置舰队时必须权衡的因素。高级舰船如太阳鲸航母建造时间长、资源需求高，一旦损毁损失较大，而小型舰船如FG300装甲型虽然攻击力较弱，但造价低廉且易于量产，适合作为前期过渡或炮灰单位。技术点的分配同样关键，每艘船的蓝图有5-7个配件系统可改装，技能点需优先用于核心功能强化，例如前排舰船优先提升护甲和生命值，输出型舰船则侧重冷却缩减和暴击属性。技术点重置功能允许玩家根据战局变化灵活调整加点方案。
武器系统的克制关系直接影响战斗效果。能量武器如斗牛、刺水母能无视护甲造成真实伤害，对装甲型战舰有显著压制作用，而导弹和鱼雷则分别针对中型舰和高速目标。防空能力也是配置重点，光锥级等区域防空舰能有效抵御敌方舰载机骚扰。需舰船的实际战斗力并非单纯依赖等级，战术运用和地形优势同样重要，例如巡洋舰以上舰船无法进入小行星稀疏区，可利用地形限制敌方大舰队的机动性。
后期舰队配置需围绕指挥值上限展开优化。主力接战队通常以奇美拉巡洋舰为前排核心，搭配卡利斯托等对舰杀手，剩余指挥值可补充防空或特种舰船。高速抄家舰队则侧重移动速度，用于快速突袭敌方采矿设施。玩家应避免固定使用单一配置，而是根据对手阵容动态调整，例如面对航母编队时增加防空舰比例，对抗驱逐舰群时强化范围伤害能力。定期参与蓝图研究和同盟活动能获取高阶舰船蓝图，逐步完善舰队多样性。
