宝石系统是提升忍者能力的重要途径之一。宝石分为多种类型，包括攻击型、防御型和特殊效果型，每种宝石对忍者属性的加成方向不同。攻击型宝石如白虎套装可提升力量型英雄2000点力量，敏捷和智力各1200点；青龙套装则适合敏捷型英雄，提供2000点敏捷和1200点力量与智力；朱雀套装专为智力型英雄设计，增加2000点智力和1200点力量与敏捷。玄武圣灵套装作为均衡选择，三项属性均为1964点，并附带雷遁·雷神技能，综合收益高于其他套装。宝石获取主要通过挑战特定副本，如食人魔之地掉落一级宝石，S逃忍副本产出二级宝石，金角银角修炼石也是重要来源。
真雷神之剑需与神武宝石、混元宝石、青龙宝石合成高阶武器；龙鳞铠甲通过相同材料组合可升级为圣灵装备。圣灵精华是合成终极套装的关键材料，需通过答题活动概率获得。部分高阶宝石如命运宝石需在三代、四代火影等BOSS战中掉落，与象征影之玉合成后可激活专属属性，若非目标属性需分解重铸，消耗金币较多。玩家需合理规划资源，优先为主力忍者配置对应类型宝石。
特殊功能宝石如天怒宝石的具体获取位置尚未在可靠资料中明确记载，但根据同类游戏机制推测，可能通过高难度隐藏副本或限时活动产出。幻境通行证作为进入特殊副本的道具，击败我爱罗或君麻吕后掉落，可用于获取女娲石开封的神器。需注意每位忍者仅能装备一件神器，需根据战斗需求选择。宝石与神器的组合能显著提升忍者战力，例如白虎套装配合攻击型神器可最大化输出效率。
力量型忍者推荐白虎套装或玄武套装，后者兼顾生存与输出；敏捷型优先选择青龙套装；智力型则依赖朱雀套装提升忍术效果。部分混合流派可选择玄武套装平衡发展，其雷遁·雷神技能在PVE中表现突出。宝石强化需消耗同名宝石或通用强化石，建议集中资源培养核心角色。每日副本和活动是稳定获取宝石的途径，例如20倍镜像任务需完成妙木山前置任务，奖励包含高阶宝石和觉醒素材。
后期玩法中，宝石系统与觉醒、忍具系统联动紧密。觉醒素材的刷取需兼顾体力分配，推荐将需培养的忍者编入队伍，通过副本同时获取经验与素材。忍者考试等玩法对宝石属性有特定要求，如火主阵容需搭配查克拉恢复类宝石。版本更新可能新增宝石类型，建议关注官方公告调整养成策略。合理配置宝石的忍者比未配置者战力平均提升30%-50%，尤其在无尽试炼和强者挑战中差异显著。
